Die Geschichte der Kirche reicht bis in die Anfänge des 14. Jhs., als eine kleine Kirche entstand, die das Presbyterium des heutigen Kirchengebäudes bildet. Bereits 1420 entstand an der existierenden Anlage ein Kloster, das während der Reformationszeit von den Protestanten übernommen und zu einem Lager und Krankenhaus umfunktioniert worden war. Die Kirche selbst verblieb in der Obhut der Franziskanermönche, begann jedoch mit der Zeit zu verfallen. Berichte aus dem 17. Jh. besagen, dass das Bauwerk nahezu komplett zerstört war, lediglich der Altar der Himmelfahrt Mariäs blieb erhalten. Erst 1671 begannen die Franziskanermönche mit den Renovierungsarbeiten. Vier Jahre später erhielt das Gotteshaus den neuen Weihnamen des hl. Petrus von Alcantara. Im Verlauf der Arbeiten wurde der Innenraum umgebaut und erhielt einen barocken Charakter. Anfang des 19. Jhs. wurde die Kirche im Rahmen der Säkularisation zu einem Lagerraum des Militärs. 1825 kaufte die Stadt Namysłów die Kirche auf und nutzte sie weiterhin als Lager; seinerzeit wurden die Fenster teilweise zugemauert. Das komplett verwüstete Gebäude wurde 1982 an die Kirche übergeben und sechs Jahre später feierlich geweiht. Im Jahr 1992 gründete der Breslauer Kardinal Henryk Gulbinowicz die Pfarrgemeinde des hl. Franziskus von Assisi und des hl. Petrus von Alcantara.