Kościół pw. św. św. Piotra i Pawła ma trzy nawy: główną i dwie boczne, z których można przejść do kaplic modlitewnych, z bogato zdobionymi i cennymi ołtarzami.
Uwagę zwracają przede wszystkim ołtarze neogotyckie: ołtarz główny św. św. Piotra i Pawła, ołtarze boczne przy tęczy – św. Józefa oraz Matki Bożej Różańcowej, a także ołtarze w nawach bocznych: św. Barbary, Matki Bożej Nieustającej Pomocy, Matki Boskiej Częstochowskiej oraz Najświętszego Serca Pana Jezusa.
Poza ołtarzami neogotyckimi, w namysłowskiej świątyni znajdują się również ołtarze późnobarokowe, do których należą: ołtarz św. Piotra z Alkantary, Królowej Aniołów i Męki Pańskiej. To właśnie te trzy należą do najciekawszych i najbardziej cennych.
Ołtarz św. Piotra z Alkantary, pochodzący z ok. 1720 r., odnajdziemy w drugiej od zachodu kaplicy południowej. Pierwotnie znajdował się on w kościele Franciszkanów. Wkomponowano weń współczesny, owalny obraz św. Piotra z Alkantary. Zdobią go ciekawe rzeźby św. Apolonii, św. Katarzyny i aniołów, a w zwieńczeniu znajduje się obraz św. Sebastiana.
W drugiej od zachodu kaplicy północnej znajduje się ołtarz, którego centralną część zajmuje muszlowa nisza z gotycką rzeźbą Matki Boskiej z Dzieciątkiem, datowaną na ok. 1410 r. Także i tu można podziwiać rzeźby aniołów, znajdującą się w zwieńczeniu grupę Adoracji Matki Boskiej Loretańskiej oraz postacie króla Heroda i żołnierza zabijających niemowlę.
Najcenniejszym ołtarzem kościoła św. św. Piotra i Pawła jest ten znajdujący się w pierwszej od zachodu kaplicy północnej, pochodzący z 1720 r., autorstwa wybitnego śląskiego rzeźbiarza Jerzego Leonarda Webera – ołtarz Męki Pańskiej. Jest to wierne odwzorowanie ołtarza świdnickiego, datowanego na rok 1709. Jego centralnym elementem jest naturalnych rozmiarów scena z Ogrójca oraz płaskorzeźba Upadku pod Krzyżem.